酵素菌技術應用于種植業，主要是制成各種酵素菌肥料。按其用途可以分為：(1)酵素菌堆肥和作物重茬專用肥；(2)酵素菌粒狀肥和液體肥；(3)酵素菌葉面噴肥。共三大類，也稱為酵素菌技術三大支柱。酵素菌堆肥通常用作基肥，施入土壤后，能夠控制土壤的各種病害傳播，克服作物的重茬病害，并能產生需求量的腐殖質，改善土壤的理化性狀；還能夠增強土壤的保水保肥能力，提高地溫3-5℃，對各種保護地栽培的作物十分有利。作物重茬粒狀肥是一種土壤活化劑和殺菌劑，不但能培肥地力的，還能產生大量的抗菌素，起到殺菌滅蟲作用，能解決作物的重茬（爛根）問題。果園和蔬菜地使用后，會大大減少病蟲害的發生，一般用作基肥。酵素菌粒狀肥包括高級粒狀肥、磷酯粒狀肥和雞糞粒狀肥。高級粒狀肥可以取代化肥，能夠促進作物生長，改善農產品品質，適宜于以生食為主的蔬菜和水果，還可用作高檔花卉和盆景的追肥，它既能作基肥，又能作追肥。磷酸粒狀肥能有效地提高磷肥利用率，增強作物長勢，適宜于以果實和根莖為主的作物，也可用作普通花卉追肥。利用該肥培育的幼苗，根系發達、抗逆性強，定植后緩苗快，最好作基肥使用，部分可用作追肥。雞糞粒狀肥能為作物提供豐富的氮源，大大減少病蟲害，有利于作物生長，它大部分用作基肥，小部分用作追肥。酵素菌液體肥主要是天惠綠肥。施入土壤后，能促進作物根系生長，增強根的活力，特別是重茬地或者是土壤板結、病蟲害嚴重的地塊，施用后效果尤為顯著。酵素菌葉面噴肥以稱黑砂糖農藥。主要是碳水化合物的淀粉，經發酵作用產生葡萄糖。這種葡萄糖很活潑，滲透力強，可以透過作物表面細胞進入深層細胞，從而改善農產品品質。施用后，可以克服過量氮引起的植株障礙，促進光合作用，消除由于不良天氣對作物造成的減產或病害流行。（ 佚名）