農藥的使用，必然會影響自然界的生物群落和生態體系。敏感種群逐漸減少或消失，抗性種增多或加強，處在食物鏈較高位置的捕食性魚類、鳥類或野生動物會富集大量的高殘留農藥導致死亡，打破了自然界相互制約的作用。 （一）對昆蟲的影響 有的農藥造成了防治對象的再增猖獗，主要就是在消滅害蟲的同時，也殺死了寧們的天敵，打亂了害蟲與它們的寄生者或捕食者之間的平衡，害蟲大量死亡，益蟲缺乏食物難于恢復，而害蟲卻有豐富的食料而得到發展，破壞了生態系的自然平衡，就可能造成害蟲的再增猖獗。過去在稻田多次使用化學農藥防治稻飛虱，大量殺傷了飛虱天敵稻田蜘蛛，引起了飛虱大暴發。因此，使用化學農藥必須注意對害蟲天敵的影響。 （二）對水生生物的毒性 水生生物中以魚、蝦為最重要。魚類對農藥反應敏感，各種農藥對魚類的毒性差別較大，農藥對哺乳動物的急性與對魚類的不一致。有機磷農藥對哺乳動物的急性毒性高，但對魚類的毒性遠低于有機氯和菊酯類農藥。菊酯類農藥如溴氰菊酯對魚類的毒性為高毒級，一旦進入水域，對魚類和其他水生生物的危害極大，因此，限制了它們在稻田的使用。稻區使用甲胺磷、克百威等劇毒農藥，也要禁止立即將水排入河塘。有的農藥脂溶性太高，易于被魚類富集如DDT，亦易引起魚類的慢性中毒。 （三）對土壤生物的影響 使用農藥會對土壤生物產生各種影響，土壤生物也可對農藥進行分解。蚯蚓是土壤中的重要生物，在植物養分循環中起重要作用，并且對改善土壤團粒結構有利，在食物鏈中是生要的環節，許多鳥和哺乳動物以蚯蚓為食料，但土壤中的有些農藥如甲拌磷、克百威可使蚯蚓大大減少，或者蚯蚓會富集農藥使許多鳥和哺乳動物中毒致死。 （四）對其他生物的影響 家蠶對農藥十分敏感，如水稻和蠶桑混種地區，稻田用殺蟲雙噴霧，就會污染桑樹，毒死家蠶，菊酯類農藥對家蠶的毒性亦很大。蜜蜂對農藥也是十分敏感的，在作物花期施農藥，蜜蜂會吸食有毒的花蜜和水而造成大批的死亡。另外，鳥類以帶毒昆蟲和蚯蚓為食或誤食發表的毒餌、藥粒、農藥處理過的種子，會出現死鳥，或通過食物鏈富集影響鳥繁殖，使鳥類數量減少。（ 佚名）